以下のようになる。
logo1が右上で、logo2が左上。

ffmpeg -i in.mp4 -vf “movie=logo1.png[logo1];movie=logo2.png[logo2];[in][logo1] overlay=main_w-overlay_w-10:20[in+logo1];[in+logo1][logo2] overlay=10:20 [out]” out.mp4

マニュアルのリンク。http://ffmpeg.org/libavfilter.html#overlay-1